A principal diferença entre essas duas condições é a localização e o tipo de inflamação que causam. A doença de Crohn pode afetar qualquer parte do trato digestivo, da boca ao ânus, e compromete todas as camadas da parede intestinal. Já a colite ulcerativa está restrita ao cólon e reto, afetando apenas a camada mais superficial do intestino.